Територія Кременецького ботанічного саду тягнеться від центру міста і до західної межі. Місцями є ділянки, де забудови приватного сектору безпосередньо ніби «врізаються» в територію Саду. Дослідження багатьох вчених щодо екологічного стану території свідчать, що межування ділянок зі значними екологічними порушеннями приурочені до місць інтенсивної життєдіяльності людини. Відбувається антропогенний вплив (випас худоби, вирубка лісів, сінокосіння, збір ранньоквітучих рослин з метою реалізації).
Інтенсивне антропогенне навантаження зумовлене прямим чи опосередкованим людським впливом на природу. Загальною для території міста, Саду та прилеглих територій є проблема збереження ландшафтів, оселищ, генетичних ресурсів рослинного і тваринного світу, тощо. Її головна причина – негативний вплив антропогенних факторів, який прямо чи опосередковано спричиняє порушення в структурі та функціонуванні природних екосистем, погіршення стану оселищ рідкісних видів рослин і тварин.
Важливою проблемою є відсутність огорожі, що негативно впливає на біорізноманіття. Нерегульоване відвідування в багатьох випадках призводить до порушень: розведення вогнищ у несанкціонованих місцях, засмічення території.