Вже багато років поспіль Кременецький ботанічний сад співпрацює з ГО «Кременецька екологічна ліга» та ГО «Молодь Кременеччини». Результатом даної співпраці є спільні природоохоронні заходи.
Так, традиційною стала всеукраїнська акція «Чисте довкілля – чисте сумління», яку екоосвітяни Кременецького ботанічного саду проводять спільно з громадською організацією «Молодь Кременеччини». У результаті прибирається величезний лісовий масив Саду, що межує з приватним сектором та навчальними установами міста. Це у свою чергу належним чином впливає на формування екологічної культури та свідомості.
